Au XVe siècle, l'estuaire servait de chantier naval abrité pour les caravelles en partance vers la côte africaine, son mouillage en eau profonde étant protégé par des falaises calcaires qui bordent encore les parties inférieures. Aujourd'hui, la voie navigable reste navigable jusqu'à Silves pour les navires ayant un tirant d'eau inférieur à deux mètres à marée haute, la même restriction de profondeur que les galères médiévales observaient lors de leur amarrage sous les murs du château en grès rouge.
Le trafic fluvial moderne comprend des bateaux écologiques à faible tirant d'eau et des voiliers traditionnels « batel », beaucoup partant du quartier de pêche de Portimão où les entrepôts de sardines du XIXe siècle ont été transformés en bureaux d'affrètement et en centres de biologie marine. En amont, l'Arade se rétrécit en méandres bordés de roseaux où les hérons cendrés et les spatules se nourrissent le long des vasières exposées à marée basse. Les marais salants bordant la rive nord conservent des traces d'usines romaines de garum, leurs bassins d'évaporation rectangulaires étant toujours visibles sous les inondations hivernales. Le rivage sud s'élève en affleurements de craie parsemés de pins d'Alep, les mêmes formations exploitées pour la cathédrale de Silves au XIIIe siècle.
Les opérateurs de croisières fluviales de Silves proposent des horaires toute l'année, bien que l'automne et le printemps offrent des conditions optimales pour l'observation des oiseaux, lorsque les flamants migrateurs se rassemblent à l'embouchure de l'estuaire. Les observations de dauphins culminent entre juin et septembre, lorsque les bancs de grands dauphins de l'Atlantique suivent les bancs de mulets dans la zone de convergence saumâtre. Les départs en soirée coïncident avec l'illumination du pont médiéval de Silves, ses quatorze arches reflétant des LED ambrées installées en 2019. Les options d'affrètement vont des études écologiques de deux heures avec des biologistes marins aux sorties en mer d'une journée entière qui jettent l'ancre près de criques désertes pour la baignade et des déjeuners de sardines grillées préparés à bord de barcos en bois traditionnels.
Les marées dictent les heures de départ, la plupart des voyages étant programmés dans les trois heures suivant la marée haute pour assurer le passage au-delà des rétrécissements de Ferragudo. Les opérateurs affichent des tables des marées quotidiennes aux bureaux de réservation, et les bons mobiles incluent des mises à jour de navigation en temps réel. La rivière reste accessible gratuitement aux embarcations privées, bien que les visites commerciales nécessitent des pilotes agréés familiers avec les bancs de sable submergés qui se déplacent de façon saisonnière près de la limite de la réserve naturelle de l'ICNF.
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